EARLY_UNIT_END

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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MarV-i-N
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EARLY_UNIT_END

#1 Ungelesener Beitrag von MarV-i-N » 20.05.2003 16:10

hi leute,
nachdem ich schon einige zeit bei seti gecruncht habe, hab ich mir jetzt mal ein medizinisches projekt ausgesucht...
hab auch schon 2 normale results zurück geschickt und bin dann mit -advmethods an ein gromacs gekommen. die hat der textclient nur leider aus mir unerklärlichen gründen abgebrochen: :cry2:

Code: Alles auswählen

[14:20:03] Completed 100000 out of 250000 steps  (40)
[14:25:48] Writing local files
[14:25:48] Completed 102500 out of 250000 steps  (41)
[14:31:34] Writing local files
[14:31:34] Completed 105000 out of 250000 steps  (42)
[14:37:20] Writing local files
[14:37:20] Completed 107500 out of 250000 steps  (43)
[14:43:07] Writing local files
[14:43:07] Completed 110000 out of 250000 steps  (44)
[14:48:52] Writing local files
[14:48:52] Completed 112500 out of 250000 steps  (45)
[14:54:38] Writing local files
[14:54:38] Completed 115000 out of 250000 steps  (46)
[14:54:46] Gromacs cannot continue further.
[14:54:46] Going to send back what have done.
[14:54:46] logfile size: 28020
[14:54:46] - Writing 28556 bytes of core data to disk...
[14:54:46]   ... Done.
[14:54:47] 
[14:54:47] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[14:54:50] CoreStatus = 72 (114)
[14:54:50] Sending work to server


[14:54:50] + Attempting to send results
[14:54:54] + Results successfully sent
[14:54:54] Thank you for your contribution to Folding@home.
[14:54:58] + Attempting to get work packet
[14:54:58] - Connecting to assignment server
[14:55:00] - Successful: assigned to (171.64.122.144).
[14:55:00] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[14:55:00] Loaded queue successfully.
[14:55:16] + Closed connections
kann mir jemand sagen woran das liegen könnte??
benutze den textclient auf folgendem system:

AMD XP 2100+ @ 14*138Mhz
2* 256MB PC2100 @ 138Mhz Cl2
Asus A7N8X
Windows 2000 Pro

liegt es vielleicht an meinem system, oder passiert sowas bei gromacs schonmal?? danke schonmal für eure hilfe...


ciao MarV-i-N

michii_

#2 Ungelesener Beitrag von michii_ » 20.05.2003 16:50

Ist mir auch schon mal passiert.
Probiers ohne die -advmethods oder -betateam Option.
Seitdem bei mir F@H ohne die -advmethods läuft ist es nicht mehr zu einem solchen Fehler gekommen, obwohl auch einige WUs dabei waren, die den GROMACS-Core benötigten.

MarV-i-N
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#3 Ungelesener Beitrag von MarV-i-N » 20.05.2003 22:02

ok, danke für die schnelle antwort.
hab -advmethods jetzt mal raus genommen und hoffe das keine wus mehr abgebrochen werden...

ciao MarV-i-N

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#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.05.2003 09:25

Der Grund ist mit größter Sicherheit Deine Übertaktung. Laß die Maschine mal lieber im spezifizierten Bereich mit den Schaltern

-advmethods -forceasm

laufen - da leistet sie mehr Arbeit als übertaktet aber ohne -advmethods. Der für -advmethods momentan erforderliche GROMACS "core" geht ab wie Schmidt's Katze. Wenn Du Dein System übertakten willst, dann nutze bitte in Zukunft GROMACS als Stabilitätskriterium. Prime95 hat hier LONG ausgedient. :lol:

Michael.
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#5 Ungelesener Beitrag von MarV-i-N » 22.05.2003 11:21

so, hab jetzt mal den proz und die rams auf 135mhz zurück geschraubt und auch schon das erste gromacs result zurück geschickt. scheint also wirklich daran gelegen zu haben...
hätte mir vielleicht doch ein paar vernünftige rams kaufen sollen.. :-?

danke für die tipps...

ciao MarV-i-N

Sascha_Luehrs

#6 Ungelesener Beitrag von Sascha_Luehrs » 10.06.2003 12:39

Ist mir am Wochenende jetzt auch passiert. Ehrlich gesagt vermute ich, daß es von Stanford erwünscht ist, daß das auftreten kann. Ich habe, nachdem nach dem 25. Frame diese Meldung kam (ich war offline, war zum Glück keine Internet-Verbindung da), den Client mit ^C abgebrochen, das ganze Verzeichnis gepackt, und habe, da ich ausnahmsweise noch eine Sicherungskopie des gesamten fah-Ordners da hatte, die ich erstellt hatte, als genau diese WU noch bei 0 Frames war, die gesamte WU mit dieser Sicherungskopie nochmal von vorne gerechnet. Der "Fehler" (Early Unit End) trat wieder genau an der gleichen Stelle, nach dem 25. Frame auf, und dabei war der Rechner gut gekühlt, und übertaktet ist er auch nicht.

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#7 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 10.06.2003 12:46

@Sascha: Handelt es sich da um eine GROMACS WU?

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Sascha_Luehrs

#8 Ungelesener Beitrag von Sascha_Luehrs » 10.06.2003 13:12

> @Sascha: Handelt es sich da um eine GROMACS WU?
Hallo Michael, Ja.

Code: Alles auswählen

[04:33:44] *------------------------------*
[04:33:44] Folding@home Gromacs Core
[04:33:44] Version 1.48 (May 7, 2003)
[04:33:44] 
[04:33:44] Preparing to commence simulation
[04:33:44] - Looking at optimizations...
[04:33:44] - Files status OK
[04:33:45] - Expanded 511218 -> 2524929 (decompressed 493.9 percent)
[04:33:45] 
[04:33:45] Project: 909 (Run 56, Clone 99, Gen 7)
[04:33:45] 
[04:33:45] Assembly optimizations on if available.
[04:33:45] Entering M.D.
[04:34:06] (Starting from checkpoint)
[04:34:06] Protein: p909_vill_str0
[04:34:06] 
[04:34:06] Writing local files
[04:34:16] Extra 3DNow boost OK.
[04:34:16] Writing local files
[04:34:16] Completed 0 out of 250000 steps  (0)
[04:43:53] Writing local files
[04:43:53] Completed 2500 out of 250000 steps  (1)
[04:53:28] Writing local files

<snip> 

[08:23:44] Completed 60000 out of 250000 steps  (24)
[08:33:17] Writing local files
[08:33:17] Completed 62500 out of 250000 steps  (25)
[08:41:05] Gromacs cannot continue further.
[08:41:05] Going to send back what have done.
[08:41:05] logfile size: 19055
[08:41:05] - Writing 19591 bytes of core data to disk...
[08:41:05]   ... Done.
[08:41:05] 
[08:41:05] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[08:41:08] CoreStatus = 72 (114)
[08:41:08] Sending work to server
[08:41:08] Unit 2 finished with 95 percent of time to deadline remaining.
[08:41:08] Updated performance fraction: 0.925462

[08:41:08] + Attempting to send results
[08:41:08] - Reading file work/wuresults_02.dat from core
[08:41:08]   (Read 19591 bytes from disk)

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