Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)
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Nuke
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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#13 Ungelesener Beitrag von Nuke » 06.03.2017 08:48

Da sie im Rosetta-Forum geschrieben hatten, dass dies wieder korrekt gemacht werden soll, dann würde es erst einmal auf sich beruhen lassen. Sollte es in 2017 erneut passieren, dann kann man ja noch einmal einen dezenten Hinweis geben.

ChristianB
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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#14 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 06.03.2017 10:49

Michael H.W. Weber hat geschrieben:So, ich habe mal eben ein einziges Paper aus 2016 angetestet - und zwar das erste, dass mir auf den Schirm kam. Dort kann ich keinerlei "Acknowledgements" and die RAH Community entdecken. Bitte prüft es nach:

http://www.nature.com/nature/journal/v5 ... 18010.html

Hier ist aus 2016 eine Übersicht, wo das Paper auch erwähnt wird als eines, an dem die RAH-Community beteiligt war:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/old_news.php

Ich habe kein weiteres getestet, da mir scheint, dass ich mit dem oben geschriebenen völlig richtig lag.
Was ich nicht überprüft habe, sind die sogenannnten "supplementary materials" - diese sind normalerweise auch für jedermann "free" herunterladbar. Könnt ihr gerne zur Sicherheit durchmustern.
Ich habe mir gerade den Newseintrag angeschaut und der stellt selbst schon klar das in diesem Paper keine Rosetta@Home Ergebnisse verwendet wurden:
A brand new paper from the Baker lab in Nature! Thank you yet again for your contributions, Rosetta@home volunteers. Although R@h was not directly used for these designs due to size and memory limitations, your contributions are instrumental in Rosetta development enabling such science. Thank you!
(Hervorhebung von mir)
Michael H.W. Weber hat geschrieben:[edit]: Hier ist das nächste Paper: http://science.sciencemag.org/content/353/6297/389
Soll ich dem Forum in Seattle die beiden Papers nun mal als Beispiele zur Kenntnis geben? :angel2:
Dieses finde ich nicht im Zusammenhang mit Rosetta@Home. Es wurde nur auf der Seite veröffentlicht wo alle Bakerlab Publikationen gelistet sind. Es gibt anscheinend keine Liste mit nur Rosetta@Home Publikationen. Somit ist deine Aussage erneut nicht korrekt. Du könntest vielleicht anregen das @Home Publikationen deutlicher markiert werden aber soweit ich das anhand deiner Beispiele sehen kann ist und war bei Rosetta@Home alles in Ordnung was die Publikationen angeht.

Aktuell scheint die gesamte bakerlab.org Domain DNS Auflösungsprobleme zu haben. Nur die google DNS Server haben noch die korrekte IP gespeichert. Daher sind aktuell keine Seiten erreichbar.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#15 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 06.03.2017 16:41

Komme derzeit nicht auf deren Webseite, hatte aber zu den angeblich RAH-unabhängigen Papieren schon etwas gesagt - und das wird offensichtlich auch vom Baker Team so gesehen, wie man aus deren Formulierung herauslesen kann.
Das zweite Paper ist von derselben Seite verlinkt...

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#16 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 06.03.2017 23:26

Was ich sagen wollte ist: nur weil das Paper in den RAH News verlinkt ist heißt es nicht das es durch die RAH Volunteers unterstützt wurde. Siehe das erste Paper wo Sie direkt in dem Newseintrag klarstellen das keine RAH Daten eingeflossen sind aber sie dennoch stolz darauf sind eine Nature veröffentlichung gelandet zu haben. Bei dem zweiten dürfte es ähnlich sein. Die Google DNS Einträge sind jetzt auch verschwunden damit ist komplett bakerlab.org nicht erreichbar. Über Umwege bin ich doch noch an die IP gekommen. Das funktioniert: http://128.95.160.140/old_news.php dort lässt sich kein Verweis auf das zweite von dir herausgesuchte Paper finden.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#17 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 07.03.2017 11:20

ChristianB hat geschrieben:http://128.95.160.140/old_news.php dort lässt sich kein Verweis auf das zweite von dir herausgesuchte Paper finden.
Doch. Es ist genau das nächste Paper in der von mir ursprünglich angegebenen Übersicht:
Jul 29, 2016
Another paper from the Baker lab in Science! Designed Protein Containers Push Bioengineering Boundaries...
...einfach mal reinklicken und darin auf den Science-Artikel gehen.

Und noch einmal: Das gesamte Rosetta Framework wurde über viele, viele Jahre mit Hilfe der RAH Community Rechenpower weiter entwickelt und verfeinert. Es wurden ich-weiß-nicht-wie-viele Kooperationen mit der Industrie, Patentanmeldungen usw. ermöglicht. Wenn dann mal ausnahmsweise ein Paper erscheint, wo etwas aufgrund höherer RAM- oder sonstiger technischer Ansprüche auf einem HPC berechnet wurde, erachte ich es dennoch für nicht zuviel verlangt, die RAH Community auch dort in die Acknowledgements mit aufzunehmen.

Es ist allerdings richtig, dass ich bei meiner sehr oberflächlichen Schnelldurchsicht vom letzten Jahr nicht unbedingt die kompletten News durchgeackert habe. Wenn da etwas stand von wegen "Super, liebe RAH Commuity", dann hab' ich mir den zugehörigen Artikel schnell geschnappt, kurz nach dem "Rosetta"-Schlagwort gesucht und es dabei belassen. Dabei fiel dann - eher unerwartet von mir - auf, dass die Acknowledgements in den beiden von mir getesteten Fällen fehlten.
Jens hat unabhängig von mir ähnliches gefunden.
Und ich habe bei meinem initialen Posting aufgrund der oberflächlichen Kurzdurchsicht anständig nachgefragt und um Berichtigung gebeten, falls mir etwas entgangen sein sollte.
Insofern ist das sauber.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#18 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 07.03.2017 18:22

Ah, ok. Ich hatte direkt nach dem Titel des Artikels in den News gesucht.

Ich sehe das aber anders was die Danksagung angeht. Die Weiterentwicklung des Rosetta Frameworks geschieht durch Menschen die das programmieren und denen gilt der Dank. Nur durch die Teilnahme an RAH entwickelt sich die Software nicht von selbst weiter. Das ist eine eher indirekte Unterstützung die da erfolgt und die wurde auch in dem Newseintrag zum Natureartikel ausgedrückt. Erst wenn die Rechenleistung der Freiwilligen für einen Artikel benutzt wurde ist das eine direkte Unterstützung und dann gehört auch eine Danksagung in den Artikel.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#19 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 08.03.2017 11:02

ChristianB hat geschrieben:Ich sehe das aber anders was die Danksagung angeht. Die Weiterentwicklung des Rosetta Frameworks geschieht durch Menschen die das programmieren und denen gilt der Dank. Nur durch die Teilnahme an RAH entwickelt sich die Software nicht von selbst weiter. Das ist eine eher indirekte Unterstützung die da erfolgt und die wurde auch in dem Newseintrag zum Natureartikel ausgedrückt. Erst wenn die Rechenleistung der Freiwilligen für einen Artikel benutzt wurde ist das eine direkte Unterstützung und dann gehört auch eine Danksagung in den Artikel.
Ja, eben weil man das auch anders sehen kann, habe ich ja bislang auch nicht erneut in deren Forum nachgefasst.

Ich möchte dazu aber dennoch etwas hinzufügen: Es geht bei den betroffenen, sogenannten "externen" Papers eben nicht um reine Programmierentwicklungen. Das zugrundeliegende Rechenkonzept wird iterativ weiterentwickelt. Dazu sind nach meinem Kenntnisstand immer die Rechnungen auf dem RAH-Grid im Einsatz. Insofern ist - aus meiner Sicht - die Leistung von programmiertechnischen Neuentwicklungen und die rechnerische Generierung neuer Erkenntnisse auf dem RAH-Grid, die entweder ursächlich zu einem neuen Ansatz führen oder zum Erproben eines neuen Ansatzes dienen, eben nicht so klar zu trennen. Ich nehem da die Position ein, dass es der AG nicht weh tut, auch bei solchen Publikationen die RAH Community zu erwähnen. Letztlich bleibt es denen überlassen.

Was mich jetzt aber noch interessieren würde, nachdem Du meine Angabe oben nachvollziehen konntest: Hast Du denn für das Science-Paper einen mir möglicherweise entgangenen Hinweis gefunden, dass es angeblich auch "unabhängig" vom RAH-Grid erzeugt wurde?

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#20 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 08.03.2017 18:50

Ja, für das zweite von dir genannte Paper aus Science wurde nicht direkt gesagt das keine RAH Rechenleistung verwendet wurde und der Artikel an sich schweigt sich darüber aus wie das Design zustandegekommen ist (nach stichworten gesucht, nicht alles gelesen). Von daher wäre meine Empfehlung das die in den Newseinträgen besser darstellen welche Artikel mittels RAH Rechenleistung erstellt wurden und welche nicht. Deine Kernaussage im ersten Beitrag (keine Danksagung in neueren Artikeln) ist damit aber immer noch wiederlegt. Es findet eine Danksagung statt und bei manchen Artikeln fehlt der Hinweis das keine RAH Leistung eingeflossen ist. Wenn man nur den ersten Beitrag liest bekommt man den Eindruck deine Aussage stimmt und man müsste erst weitere Beiträge (auf englisch) lesen um den aktuellen Sachstand zu bekommen. Da dies eine sehr ernste Anschuldigung ist solltest du den aktuellen Sachstand im ersten Beitrag kurz aktualisieren (also das Übersetzen was die RAH Admins geschrieben haben). Das ist finde ich nur fair.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#21 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 08.03.2017 21:43

Verstehe ich jetzt nicht ganz: Wo soll ich was ändern? Hier oder im RAH-Forum?

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#22 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 08.03.2017 22:40

Deinen ersten Beitrag in diesem Thread hier.

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Re: Rosetta@home: Fehlende Danksagungen in Fachartikeln

#23 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.03.2017 11:16

ChristianB hat geschrieben:Deinen ersten Beitrag in diesem Thread hier.
OK, habe das mal eben etwas modifiziert und zusätzlich per [edit] mit Datumsangabe ergänzt. Nachträgliche Änderungen habe ich bislang noch nie durchgeführt, wenn schon jemand auf einen meiner Beiträge geantwortet hat - das führt nämlich sehr leicht zu Ärger. In diesem Fall sollte es so aber Ok sein.
Ich überlege jetzt, ob ich im RAH-Forum den undefinierten zweiten Artikel nochmal explizit angebe, damit nicht der Eindruck entsteht, man wolle da ohne Grund Feuer legen...

Michael.
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