FAH-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)
Nachricht
Autor
Benutzeravatar
Bommer
WU-Schieber
WU-Schieber
Beiträge: 1153
Registriert: 24.06.2001 01:00

Re: FAH-News

#433 Ungelesener Beitrag von Bommer » 31.08.2013 18:20

Hallo

Kann den vorherigen Bericht mal jemand ins Deutsche übersetzen.

Danke Bommer

Benutzeravatar
Dunuin
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 1743
Registriert: 23.03.2011 12:59
Wohnort: Hamburg

Re: FAH-News

#434 Ungelesener Beitrag von Dunuin » 31.08.2013 19:02

Mal frei übersetzt:
"(...) A negative consequence of this continuous push for improvement and progress is that newer cores often are restricted to more advanced hardware. To help utilize as much power as is available to FAH, we tend to continue projects with older cores, but eventually, the science they can do becomes too limiting, and we must retire them.
This is the eventual fate for all cores, but is most certainly an issue sooner for certain cores, especially cores11 and 78. (...)
If I had to guess, I'd say probably within a year or so they would be retired, maybe 2 years if the existing projects need additional data. (...)"
Eine negative Konsequenz von diesem kontinuierlichen Drang nach Verbessung und Fortschritt ist, dass neuere (FAH-Software-)Kerne oft auf fortschrittlichere Hardware beschränkt sind. Um dabei zu helfen so viel Leistung wie für FAH verfügbar ist nutzbar zu machen tendieren wir dazu Projekte mit älteren Kernen fortzusetzen aber letztendlich wird die Wissenschaft, welche diese tun können zu sehr limitierend und wir müssen sie aufgeben.
Dies ist das letztendliche Schicksal aller Kerne, aber es ist auf jeden Fall früher ein Problem für gewisse Kerne, besonders Kern11 und Kern78.
Wenn ich raten müsste, dann würde ich sagen, sie werden innerhalb eines Jahres aufgegeben, vielleicht 2 Jahre, wenn die existierenden Projekte zusätzliche Daten benötigen.
Bild

Benutzeravatar
X1900AIW
TuX-omane
TuX-omane
Beiträge: 2773
Registriert: 05.01.2008 16:34

Re: FAH-News

#435 Ungelesener Beitrag von X1900AIW » 08.10.2013 09:20

Aus dem neuen Blog, der alte wird entgegen der Ankündigung nicht mehr gefüttert, Core16 GPU core approaching end of life vom 28.09.2013 (Unterstreichung von mir):
  • "Our projects which use Core16 have completed and this means that Core16 is reaching its end of life, as the Core17 GPU core has some key features needed in new projects. We do not have an ETA for the last Core16 WU, but it is likely soon, i.e. in a week or two."
D.h. Workunits für Core16 werden bald (jetzt schon?) entfallen.

Übrig bleiben somit Core15 und Core17 für die GPU Berechnung.

Bei Core17 scheint bei Wenig-Crunchern (gemessen an Rechenzeit am Tag) Länge bzw. Aufwand der Berechnung bereits bei leistungsfähigen GPUs an das Limit zu stossen, siehe Thread Core 17 - WU sizes? Will there be WUs like in core 16?, betrifft die AMD Karten HD6970 sowie HD6670. Mich erinnert das an den de facto Ausschluß von leistungsschwachen GPUs, die die dead line nicht mehr erreichen konnten. Mit dem Unterschied dass dieser Besitzer/Folder schlicht nur diejenigen Stunden falten möchte, die der PC am Tag genutzt wird.

Im Thread ergeben sich - wieder einmal - interessante Fragen und Antworten, ich zitiere selektiv (Hervorhebung von mir):
  • [WHGT]Cyberman:
    "What is "older tech"? Anything not currently advertised for? I have a hard time seeing a Radeon 6xxx as obsolete, although I agree it's on the lower end of the scale by now, but I would argue it's far from useless. (...) Much as I like FAH, too often I get the feeling that using anything that isn't top of the line is discouraged, that we should all buy the latest hardware and throw out those obsolete 3 year old graphics cards, even though they continue to bring enough power for purposes other than FAH. (...)" (Quelle)
  • 7im:
    "1. Fah encourages faster returns. Not the other way around. You get additional bonus points. Points get added to your total. You don't start with a lot of points and then have them taken away. You are not penalized like that.
    2. The above bonuses encourage faster folding. That includes both using faster hardware AND folding more hours per day. Again, not the other way around.
    3. I was talking about core 16 going end of life, not your midrange hardware. Your card folds well, just not enough hours per week, by a very small margin.

    P.S. The move to bonus based GPU work units was announced a long time ago. This should not be a surprise to anyone. Admittedly, there is a bit of a trade-off here. As with the CPU work units moving to bonuses, the deadlines are shorter, but the potential to earn points goes up considerably." (Quelle)
Zur Klarstellung des Ansatzes von FAH finde ich, ist das eine gute und knappe Darstellung. :good: Die natürlich Gelegenheitsfalter wie oben abschrecken dürfte. Nochmal, es ging darum eine Workunit in der gegebenen dead line abliefern zu können bei einem Tagesaufwand von ca. 2 Stunden, jedoch ohne HighEnd GPUs dafür zu verwenden.

Mir drängt sich bei FAH zunehmend die "Leichtigkeit" bei BOINC Projekten auf, wo dieser Zeitdruck, wenn man so möchte, nur sehr selten der Fall ist. Oder täusche ich mich ?

Bei GPUgrid (das ebenfalls Bonuspunkte für 24h-Frist Ablieferung vergibt) habe ich aktuell die Treiberunterstützung von CUDA 4.2 auf 55 gewechselt, die Laufzeiten sind auf meiner langsamen GTX 650TI etwas gestiegen, erwartet hatte ich eine Verkürzung, wie im Forum an einer Stelle erwähnt. Vielleicht betrifft es ähnlich bei FAH nur die leistungsfähigeren GPUs, die daraus einen Vorteil schöpfen können.

In Summe zum topic FAH sehe ich eine Bekräftigung des ureigenen Konzeptes dieses Projekts, per Software Anpassungen möglichst schnell Ergebnisse zurück zu erhalten. Ergebnisse, die zunehmend höhere Anforderungen mit entsprechend verlängerten Rechenzeiten stellen. Mit dem Problem, damit wiederum die Mittelschicht (als gesellschaftliche Analogie) zu verprellen.
Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ist ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ist ein Erfolg.
Henry Ford

Benutzeravatar
ClaudiusD
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 1274
Registriert: 29.01.2013 16:52
Wohnort: Wien

Re: FAH-News

#436 Ungelesener Beitrag von ClaudiusD » 08.10.2013 10:09

X1900AIW hat geschrieben:langsamen GTX 650TI
Da musste ich dann doch kurz schlucken :D 4 Grafikkarten laufen bei mir konstant und die GTX 650 Ti ist bei mir die leistungsfähigste. (Die 560er ist etwas drunter)

Und die paar kleinen langsamen Karten haben mich innerhalb des letzten Jahres nen halben Tausender gekost. Krass wie gierig FAH ist :)
Bild

Benutzeravatar
X1900AIW
TuX-omane
TuX-omane
Beiträge: 2773
Registriert: 05.01.2008 16:34

Re: FAH-News ... make 2014 a landmark year for FAH ...

#437 Ungelesener Beitrag von X1900AIW » 25.12.2013 11:14

Abschlussbericht und "Wettervorhersage" für´s nächste Jahr im Blog vom 23.12.2013: Happy Holidays! Looking back at 2013 and forward to 2014 ?

(aus meiner Sicht relevante Aussagen fett hervorgehoben, ohne Anspruch auf Richtigkeit)
  • "(...) So, the work of 2012 comes out in 2013 and the projects running in 2013 get to reach the public in 2014. (...)
  • FAH development in 2013. We?ve had several new developments in how FAH works, from both the donor perspective as well as how FAH works behind the scenes. With the addition of new programmer Yutong ?Proteneer? Zhao, Core 17 was a big advance for FAH. It brought the most advanced features from the OpenMM GPU code, especially major speed increases for AMD/ATI cards. Moreover, it also brought a natural path to true Linux GPU support and lots of useful scientific updates. The v7 client continues to advance, with a new web interface; these simplifications have been important especially for certain partners who have wanted to see an easier to use FAH client before they can help us push for greater deployment. Adaptive sampling approaches have been a part of how FAH works, but we?ve also been moving to automate this process, leading to more powerful ways we can use the power of the FAH clients.
  • New FAH results. Several of our long running projects have come to fruition in 2013 and gotten various honors. One major result which also gives a good idea of where we?re going in the future was our work on GPCRs, key proteins at the heart of much of disease and drug design. Our work on GPCRs, running a FAH-like infrastructure on Google?s internal processors, sets the stage for similar calculations to be run on FAH (as I?ll describe below). In a nutshell, what we?ve been able to show is that the tools used to understand protein folding (developed in FAH) can shed light on how GPCRs behave, especially revealing intermediate structures which are interesting and potentially important new targets for drug design.
  • New projects. Kinases are key drug targets for cancer. 2013 brought new projects which will lead to new papers in 2014. Many donors have asked us to push into more areas in cancer and our pilot projects have worked out well, leading to full fledged FAH projects in cancer. Our first paper in this area has been submitted, with several more in the pipeline. I?ll post more when the paper is out, but briefly, we?ve been able simulate kinase dynamics, identifying new intermediate states that could be useful drug targets. Our goal is to help develop kinase drugs with greater specificity, leading to a dramatic improvement in cancer therapies, especially without the devastating issues of current chemotherapies, which comes from the fact that current drugs are not very specific to a give kinase and affect the whole body?not just the tumor cells?in a very negative manner. We also now have some very high power collaborators on board, including those at the Memorial Sloan Kettering Cancer Center in New York. We also have new results in Alzheimer?s Disease and Infectious Disease which we are in the process of submitting for publication. These results are in the area of drug repurposing, leading to the ability of the FAH team to go straight to therapies for these diseases using combinations of existing drugs; we?ve very excited about this direction as it allows us to go quickly to phase 2 clinical trials, getting new drugs in the hands of patients decades before other methods would.
  • (...) We expect to release a whole new type of client and backend server in 2014, which will help make it easier and easier for many donors to contribute to FAH. Also, we?ve gotten a lot of useful responses to the donor survey and we?re working to implement the most important suggestions. Specifically, we?re hiring a new position solely for donor relations. We hope that this will solve the challenge of the science team having to decide between donor relations and getting their science done, by having someone whose sole role is donor relations.
  • (...) The key elements are an improved client and more powerful set of cores (especially GPU core17) combined with new backend methods, applied to key new scientific projects running in 2013 in the areas cancer, Alzheimer?s Disease, and infectious disease. All of this, pushed forward by a lot of raw power from partnering could easily make 2014 a landmark year for FAH. (...)"
Memorial Sloan Kettering Cancer Center:
http://www.mskcc.org/
Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ist ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ist ein Erfolg.
Henry Ford

Benutzeravatar
GD69DN
XBOX360-Installer
XBOX360-Installer
Beiträge: 100
Registriert: 02.05.2003 14:33
Wohnort: Düren

Re: FAH-News

#438 Ungelesener Beitrag von GD69DN » 02.01.2014 19:37

Kein Wunder, dass meine GraKa seit ca. 2h nix macht, weil sie keine WUs mehr zugeteilt bekommt... :roll:
Hatte mich schon gewundert warum der Rechner gerade so leise war. :wink:
FAH VM server down, sys admins notified
January 2, 2014 by Vijay Pande ·

A key FAH VM server is down, which means that stats updates are on hold (but points are still being kept on the WS?s, just not reported to the web site) and also the GPU AS is down. We will post an update when we know more. Unfortunately, Stanford is shutdown this week, so the sysadmins are on a reduced schedule, so the response time will be longer than normal.

Benutzeravatar
X1900AIW
TuX-omane
TuX-omane
Beiträge: 2773
Registriert: 05.01.2008 16:34

Re: FAH-News

#439 Ungelesener Beitrag von X1900AIW » 04.01.2014 11:04

Blog Eintrag vom 03.01.2014: More core17 WUs are on the way
  • "We see a shortage in Core17 WUs, so we?re building more core17 WUs right now. The building process takes some time, probably until tomorrow morning. By then, there will be plenty of Core17 WUs."
Mein System bekam heute morgen nur 11293 Workunits mit Core 16 zugewiesen, produzierten allesamt Appcrashes. Deshalb Zwangspause für die GPU bis Core17 wieder verfügbar, SMP läuft jedoch bei mir.
Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ist ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ist ein Erfolg.
Henry Ford

Thomas R
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 699
Registriert: 22.06.2012 23:48

Re: FAH-News

#440 Ungelesener Beitrag von Thomas R » 04.01.2014 11:16

Ui - ich hab eine 8018 für die GPU bekommen.
Das macht doch Freude, für ein Viertel der PPD den selben Strom zu verbrauchen. :angel2:
Thomas

Bild

Benutzeravatar
heikosch
Task-Killer
Task-Killer
Beiträge: 719
Registriert: 30.03.2012 17:42
Wohnort: Essen

Re: FAH-News

#441 Ungelesener Beitrag von heikosch » 04.01.2014 13:48

Thomas R hat geschrieben:Ui - ich hab eine 8018 für die GPU bekommen.
Das macht doch Freude, für ein Viertel der PPD den selben Strom zu verbrauchen. :angel2:
Warum "den selben Strom"? Bei mir geht sowohl bei der GTX 680 als auch der GTX 780 die Leistungsaufnahme bei P8018 um ca. 10% hoch. :(

Heiko
Bild Bild
Bild

Thomas R
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 699
Registriert: 22.06.2012 23:48

Re: FAH-News

#442 Ungelesener Beitrag von Thomas R » 04.01.2014 17:55

Dafür sinkt aber die Leistungsaufnahme der CPU.... :wink:
Thomas

Bild

Benutzeravatar
GD69DN
XBOX360-Installer
XBOX360-Installer
Beiträge: 100
Registriert: 02.05.2003 14:33
Wohnort: Düren

Re: FAH-News

#443 Ungelesener Beitrag von GD69DN » 05.01.2014 14:29

Na dann kann ich ja froh sein, dass meine GPU immer noch an einer 8900er WU rumrechnet. :wink:
Die 8018er haben übrigens denselben Projektmanager wie die 8900er.

Mit was für einen "Base credit" sind denn die 8018er angesetzt? Die 8900er haben als Basis ja 6000.
Die 8018er scheinen so neu zu sein, dass der Bonus Point Calculator die noch gar nicht kennt. :roll:

Benutzeravatar
heikosch
Task-Killer
Task-Killer
Beiträge: 719
Registriert: 30.03.2012 17:42
Wohnort: Essen

Re: FAH-News

#444 Ungelesener Beitrag von heikosch » 05.01.2014 14:58

Der "Folding@home Bonus Point Calculator" ist irgendwie merkwürdig vorkonfiguriert.
Wenn Du unten "Load all projects" verwendest, kennt er auch P8018.

Inzwischen wurden wieder neue P8900 WUs generiert! :-)

Heiko
Bild Bild
Bild

Antworten

Zurück zu „Protein- und Nukleinsäureforschung“