CASP9

[Ritschie]

Schade, dass zum Thema GPGPU nichts neues zu hören ist. Sollte das nicht mit CASP9 einhergehen?!

Gruß,
Ritschie

[mxplm]

Soweit ich weiß hatte sie das zumindest in Aussicht gestellt.

[MonsieurPoot]

Ich glaube die Party geht los.
Der Server war einige Stunden ziemlich unterbesetzt was WUs angeht, aber seit ein paar Minuten sind rund 12000 WUs versendebereit und scheinbar sind es jetzt nur noch CASPs. ... zumindest bekomme ich sonst keine anderen mehr.

- Poot

[MonsieurPoot]

Meine Güte, die Admins sind ja momentan richtig aktiv!

May 20 , 2010 - CASP 9 T517

After modeling the three helix bundle of Target 517 in Job CASP 439, CASP 440 relaxes the whole model now to pick out the energetically best.

[MarV-i-N]

Servus,

obs jetzt genau hier rein passt sei mal dahin gestellt, aber ich hab gerade (eher zufällig) mal nen Vergleich der Rechenpower meines i5 750 @ 3,2GHz und meines Core2Duo T7700 im Laptop gemacht... und ich muss sagen ich bin schwer vom i5 beeindruckt. Stellt sich die Frage ob der wirklich so wahnsinnig viel schneller ist oder ob die App einfach auf die neueren Operationen im i5 ausgelegt ist?!
Zumindest überleg ich mir ob ich den Laptop auch rechnen lasse oder ob ich mir das spare und mich mit einem Host zufrieden gebe...

i5:

29760016 27868502 20 May 2010 18:21:51 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,330.85 6,310.68 41.89 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29759588 27868085 20 May 2010 18:02:21 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,454.40 6,388.69 42.41 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29759508 27868007 20 May 2010 17:53:30 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,477.71 6,443.43 42.77 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29758042 27866576 20 May 2010 17:02:02 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,513.51 6,484.77 43.04 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29757476 27866013 20 May 2010 16:30:52 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,708.98 6,681.46 44.35 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29757286 27865823 20 May 2010 16:11:38 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,327.76 6,289.49 41.75 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29755834 27864381 20 May 2010 15:18:00 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,465.64 6,422.27 42.63 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29755577 27864125 20 May 2010 15:14:44 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,474.78 6,442.59 42.76 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29754964 27863512 20 May 2010 14:34:46 UTC 21 May 2010 15:10:29 UTC Completed and validated 6,431.17 6,383.66 42.37 73.42 POEM Protein Folding v1.00

Core2Duo:

29803824 27908602 22 May 2010 1:05:19 UTC 22 May 2010 6:34:43 UTC Completed and validated 11,402.69 11,323.10 48.36 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29801608 27906523 21 May 2010 22:58:14 UTC 22 May 2010 4:11:02 UTC Completed and validated 11,621.08 11,530.72 49.24 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29800432 27905380 21 May 2010 21:57:57 UTC 22 May 2010 4:11:02 UTC Completed and validated 11,850.19 11,661.28 49.80 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29797127 27902339 21 May 2010 19:37:27 UTC 22 May 2010 1:05:19 UTC Completed and validated 12,564.74 12,200.78 52.10 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29795920 27901170 21 May 2010 18:41:55 UTC 21 May 2010 23:43:17 UTC Completed and validated 11,937.26 11,691.88 49.93 73.42 POEM Protein Folding v1.00
29793992 27899381 21 May 2010 17:25:43 UTC 21 May 2010 21:57:57 UTC Completed and validated 12,527.29 11,587.27 49.48 73.42 POEM Protein Folding v1.00

Man kann also sagen, dass der i5 viermal so schnell ist wie mein Core2Duo... erstmal doppelt soviele WU gleichzeitig in der Berechnung und dann auch noch fast doppelt so schnell... schon ordentlich...
Hab nur leider kein Messgerät, sonst würd ich mal überprüfen wie es denn mit dem Stromverbauch aussieht...

Das nurmal so FYI

Viele Grüße,
MarV-i-N

[DO3PSN]

Für alle Mitglieder der Taskforce-Gruppe dürfte folgende Diskussion interessant sein: http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewto ... 21&t=10909

Würde mich echt freuen, wenn wir da im Rahmen von CASP etwas für POEM auf die Reihe bekommen würden und wir könnten dabei unseren erst gerade eben erreichten 7. Platz in der internationalen Teamwertung bei POEM@home ausbauen.

Viele Grüße

Philipp

[MonsieurPoot]

May 28 , 2010 - CASP 9 T531

The results of the model for T517 look like a success. If our predictions are correct will only be known after CASP of course. The next job, which should go online today at night or early tomorrow will be the first real hard target T531. We generated models locally for this and they will now be relaxed in job CASP 441 to determine which is the most energetically feasible model.

[DO3PSN]

Endlich mal wieder News von POEM.

Klingt doch ganz gut.

[MonsieurPoot]

Na guck einer an, es geht doch!

June 02 , 2010 - CASP 9 T531 news, T540 and T544

The modeling of T531 can be considered a success. We found in total three dominant folds, which were all quite stable in the POEM forcefield, but only one had the disulfide bridges all developed. We will submit all three folds to CASP with the first one being the one with all disulfide brigdes developed - expect pictures on tuesday. Following will be a very short relaxation of T540 as job CASP442 and a longer relaxation of T544 as job 443. Job 445 will be a regular data job simulating the docking of Antithrombin with some protein ligands.

Was mich allerdings jetzt auf's neue ein wenig irritiert:
In den News klingt es immer so, als wären die entsprechenden Jobs schon abgeschlossen - trotzdem kriege ich ab und an noch WUs aus der angegebenen Batch, und Rückläufer sind es auch nicht.

[MonsieurPoot]

Ich verstehe nichts, aber die Bildchen sind schön... und neu:

http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage

[mxplm]

Da steht im Prinzip, dass POEM@home eine von der Simulation her gute Faltung für ein Protein berechnet hatte. Den Wissenschaftlern sagte jedoch der gesunde Menschenverstand, dass es doch anders aussehen muss. Sie haben dann die weiteren Ergebnisse durchforstet, davon wieder eines rausgepickt, das ihnen sinnvoller erschien. Dieses haben sie dann nochmal berechnen lassen. Das Ergebnis sah wohl ganz gut aus, wobei ja erst am Ende von CASP gesagt werden kann, ob es auch wirklich so gut ist.

Nochmal mit mehr Chemie: Wenn du es genauer wissen willst: Es gab einige "offene" Disulfid (Schwefelkohlenstoff?) Brücken, die sich bei der Faltung normalerweise verbinden und so das Protein stabilisieren. Das war in der ersten Simulation nicht der Fall.

Hoffe 1.) dass es dir hilft und 2.) dass ich keine Fehler drin hab ^.^

[MonsieurPoot]

Die Firma dankt.
Chemie fand ich eigentlich schon in der Schule blöd. Naturwissenschaftliche Gesetze und "die Welt" funktionieren schließlich auch, wenn wir sie nicht verstehen.