Rosetta braucht mal wieder...

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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Rosetta braucht mal wieder...

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.04.2021 11:37

...auf die Mütze. 8)

Seit gestern Abend 124 Aufgaben fehlerhaft mit I/O Error nach wenigen Sekunden auf allen Rechnern mit solchen Taskbezeichungen:

Code: Alles auswählen

kewpclVz_YBAAA_AAA_AAA_BBABAAAB_AAXBBABA_CGGGGGCGGGCGGGCGGGGGGGGCGGGGGGGGC_1-4_2-6_3-5.pdb_0001_abinitio_1_abinitio_SAVE_ALL_OUT_1390901_514

Code: Alles auswählen

<core_client_version>7.16.11</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
Unzul�ssige Funktion.
 (0x1) - exit code 1 (0x1)</message>
<stderr_txt>
command: projects/boinc.bakerlab.org_rosetta/rosetta_4.20_windows_x86_64.exe -fragA 00001.500.6mers -fragB 00001.500.4mers -in:file:fasta 00001.fasta -abinitio::increase_cycles 10 -mute all -abinitio::fastrelax -relax::default_repeats 15 -abinitio::rsd_wt_helix 0.5 -abinitio::rsd_wt_loop 0.5 -abinitio::use_filters false -ex1 -ex2aro -in:file:boinc_wu_zip cp_kewpclVz_YBAAA_AAA_AAA_BBABAAAB_AAXBBABA_CGGGGGCGGGCGGGCGGGGGGGGCGGGGGGGGC_1-4_2-6_3-5.pdb_0001_abinitio_1_fold_data.zip -out:file:silent default.out -silent_gz -in:file:native 00001.pdb -out:file:silent_struct_type binary -detect_disulf true -fix_disulf disulf -constraints::cst_file CB_cst -constraints:cst_weight 1 -number_9mer_frags 150 -number_3mer_frags 150 -nstruct 10000 -cpu_run_time 28800 -boinc:max_nstruct 20000 -checkpoint_interval 120 -database minirosetta_database -in::file::zip minirosetta_database.zip -boinc::watchdog -boinc::cpu_run_timeout 36000 -run::rng mt19937 -constant_seed -jran 3578755
Using database: database_357d5d93529_n_methyl\minirosetta_database

ERROR: ERROR: FragmentIO: could not open file 00001.500.6mers
ERROR:: Exit from: ..\..\..\src\core\fragment\FragmentIO.cc line: 233
BOINC:: Error reading and gzipping output datafile: default.out
10:48:18 (15264): called boinc_finish(1)

</stderr_txt>
]]>
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Re: Rosetta braucht mal wieder...

#2 Ungelesener Beitrag von Rs232 » 18.04.2021 11:30

Bei mir brechen ca 50% aller WU mit Fehler ab der Rest läuft zum Glück.
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Re: Rosetta braucht mal wieder...

#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.04.2021 14:39

Rs232 hat geschrieben:
18.04.2021 11:30
Bei mir brechen ca 50% aller WU mit Fehler ab der Rest läuft zum Glück.
Die Quote kann ich inzwischen auch bestätigen. Also da läuft bei denen irgendwas schief bei der WU-Auslieferung.

Michael.
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Re: Rosetta braucht mal wieder...

#4 Ungelesener Beitrag von Rs232 » 26.04.2021 18:52

Rosetta wird bei mir jetzt vorerst Pausiert.
Da jetzt noch eine weitere Variante an Berechnungsfehlern dazu gekommen ist.
Dieser ist sogar noch ärgerlicher da er erst beim beenden der Wu auftritt.
Somit ist bei diesen die gesamte Rechenzeit im Eimer :(
Und das ganze weil eine Datei anscheinend nicht gelöscht werden kann .
Der Fehler wurde auch schon von anderen im Rosetta Forum gepostet.
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/foru ... 893#101497

Code: Alles auswählen

Rosetta@home	4.20 Rosetta	norn_struct_profile_layered_design_TMWFYIV_0.043_0.017_0.028_0.036_0.044_0.052_0.092_beta_nocart_50341f5026802524dd3971e66dffb86f_1kq1A_L7L8L8L6L3_67_TrR_FOLD_1_0_0.35_SAVE_ALL_OUT_1391596_2_0	
01:57:45 (01:57:00)	26.04.2021 19:31:14	26.04.2021 19:39:31		99,36	Gemeldet: Berechnungsfehler (0,)	DESKTOP-ILLCJI3	573.78 MB	587.54 MB	


1271	Rosetta@home	26.04.2021 19:39:12	[error] Couldn't delete file projects/boinc.bakerlab.org_rosetta/norn_struct_profile_layered_design_TMWFYIV_0.043_0.017_0.028_0.036_0.044_0.052_0.092_beta_nocart_50341f5026802524dd3971e66dffb86f_1kq1A_L7L8L8L6L3_67_TrR_FOLD_1_0_0.35_SAVE_ALL_OUT_1391596_2	

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Re: Rosetta braucht mal wieder...

#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.04.2021 19:50

...ärgerlich. :uhoh:

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